این معاونت متشکل از پنج حوزه مدیریتی شامل مدیریت بیمارستانی، مدیریت نظارت و اعتباربخشی، مدیریت پرستاری، مدیریت اقتصاد درمان (مدیریت امور بیمه، تعرفه و استانداردهای بخش درمان) و مدیریت حوادث و فوریت‌‌های پزشکی هم چنین واحدهای اداری و مالی می‌باشد.

 نیروی انسانی شاغل در این معاونت شامل 2 پزشک متخصص، 5 پزشک عمومی، 26 پرستار، 17 ماما، 5 کارشناس تجهیزات­پزشکی، 11 نفر کارشناس علوم آزمایشگاهی، 4 نفر کارشناس پرتو، 18 نفر کارشناس رسته اداری و مالی، 15 نفر کارشناس تعالی و امور اجرایی بیمارستان­ها و 7 نفر کارشناس فناوری اطلاعات هستند که در مجموع 105 نفر در حال حاضر در این معاونت فعالیت می­نمایند.