اين معاونت متشكل از پنج حوزه مديريتي شامل مديريت بيمارستاني، مديريت نظارت و اعتباربخشي، مديريت پرستاري، مديريت اقتصاد درمان (مديريت امور بيمه، تعرفه و استانداردهاي بخش درمان) و مديريت حوادث و فوريت‌‌هاي پزشكي هم چنين واحدهاي اداري و مالي مي‌باشد.

 نيروي انساني شاغل در اين معاونت شامل 2 پزشك متخصص، 5 پزشک عمومی، 26 پرستار، 17 ماما، 5 کارشناس تجهیزات­پزشكي، 11 نفر کارشناس علوم آزمایشگاهی، 4 نفر کارشناس پرتو، 18 نفر کارشناس رسته اداری و مالی، 15 نفر کارشناس تعالی و امور اجرایی بیمارستان­ها و 7 نفر کارشناس فناوری اطلاعات هستند که در مجموع 105 نفر در حال حاضر در اين معاونت فعاليت می­نمایند.