یکی از مأموریت­ های اصلی معاونت درمان دانشگاه، نظارت هدفمند بر عملکرد مراکز تشخیصی درمانی تحت پوشش در راستای ارائه خدمات با کیفیت توأم با مدیریت هزینه و بهره‌برداری مناسب از منابع بخش درمان با رعایت اصول حرفه‌‌ای و بهره‌گیری از فناوری­ های نوین در حوزه سلامت می‌باشد.

این معاونت متشکل از پنج حوزه مدیریتی شامل مدیریت بیمارستانی، مدیریت نظارت و اعتباربخشی، مدیریت پرستاری، مدیریت اقتصاد درمان (مدیریت امور بیمه، تعرفه و استانداردهای بخش درمان) و مدیریت حوادث و فوریت‌‌های پزشکی هم چنین واحدهای اداری و مالی می‌باشد. نیروی انسانی شاغل در این معاونت شامل 13پزشک، 3دندانپزشک، 23پرستار، 17ماما، 25نفر از سایر رشته‌های پیراپزشکی و 11نفر از گروه‌های شغلی غیرپزشکی هستند.